En 1560 don Antonio de Santana, encomendero de los pueblos de Suta y Chiquinquirá, y el fraile fray Andrés Jadraque, solicitaron al pintor español Alonso de Narváez , que hiciera una imagen de la Virgen del Rosario, para colocarla en una pequeña capilla de la orden de los Dominicos en Tunja.
Sobre una tela de algodón de procedencia indígena, media 125 cm de ancho por 111 de alto, Alonso de Narváez usó colores al temple, realizó una imagen de la Virgen del Rosario con el Niño Jesús, y a los lados puso al Apóstol San Andrés y a San Antonio de Padua.
Se pintaron dos cuadros, el primero permanece en la capilla de los Dominicos
El segundo (el del milagro) fue ubicado en la capilla que poseía don de Santana en sus aposentos de Suta, estuvo allí durante más de una década hasta 1574, pero la capilla tenía el techo de paja, lo que provoco que la humedad deteriorara la pintura hasta dejarla completamente borrosa.
Tras la muerte de Santana, su viuda, se trasladó a Chiquinquirá, hacia el año 1577-78. La imagen fue llevada a ese lugar, pero se encontraba en tan mal estado que fue abandonada en un cuarto, habitación que tiempo atrás había sido usada como oratorio.Al comenzar el año 1586, se estableció en Chiquinquirá, una piadosa mujer, María Ramos, nacida en Sevilla (España), la señora reparó el viejo oratorio y colgó en el mejor lugar de la capilla, la deteriorada pintura de la Virgen del Rosario.
EL MILAGRO:
El día 26 de diciembre de 1586
María salía de la capilla, cuando pasó frente a ella una mujer indígena llamada Isabel y su pequeño hijo. En ese momento Isabel grito a María “mire, mire Señora…” Ella dirigió la mirada hacia la pintura, la imagen aparecía rodeada de vivos resplandores, prodigiosamente los colores y su brillo original habían reaparecido, los rasguños y agujeros de la tela habían desaparecido. Con tan maravilloso suceso se inició la devoción a Nuestra Señora de Chiquinquirá.
La pintura fue realizada en Tunja en el recien inaugurado (1551) convento Santo Domingo de Guzmán
En 1587, el Arzobispo de Santa Fe de Bogotá, don Fray Luis Zapata de Cárdenas, levantó información jurada de los milagros concedidos por la Santísima Virgen y dispuso que se edificara un templo a Nuestra Señora del rosario de Chiquinquirá. En 1588 se dio principio a la obra; el 17 de agosto el arzobispo bendijo y colocó la primera piedra para el primer templo de Nuestra Señora, en terreno donado por Pedro de Rivera Santana, esposo de María Ramos y sobrino de Antonio de Santana. Este templo hecho de piedra y ladrillo, tenía 150 metros de largo y 38 metros de ancho. En dicho evento estuvo presente el Presidente del Reino, Antonio González.
En 1596. El Papa Clemente VIII concede indulgencia plenaria a quienes visiten devotamente la sagrada imagen de la Virgen María.
En 1608, es colocada en el altar del templo donde permaneció 220 años.
El 6 de Marzo de 1634, el Cabildo Metropolitano accedió a la solicitud hecha por la orden de los Dominicos y ordena que se entregue la imagen de la Virgen con todos sus bienes y la doctrina a los frailes Dominicos. El acuerdo lo firmaron:el Deán y Canónigos ante el Notario Alonso Rodríguez, a quien encargaron que hiciera relación de todo al Marqués de Sofraga, Presidente del Nuevo Reino, para que apruebe la permuta.
En 1636. El arzobispo de Santafé, Fr. Cristóbal de Torres, de acuerdo con el Presidente del Nuevo Reino, don Sancho Girón, marqués de Sufraga, define entregar a la Comunidad Dominicana el Santuario y la doctrina de Chiquinquirá, en permuta por las parroquias de Gachetá y Siachoque. La permuta fue ratificada por el Presidente el 31 de marzo. El 19 de abril el Arzobispo ratificó el convenio y comisionó al doctrinero de Suta para su ejecución.
En 1643 el pintor Acero de la Cruz reprodujo la imagen que se encuentra en la nave lateral del templo que se utiliza en las procesiones.
Tras un fuerte terremoto, ocurrido en 1785, los frailes deciden construir una nueva basílica en otro lugar de la población y trasladar allí la imagen de la Virgen.
En enero de 1796 se inicio la construcción de la actual Basílica donde fue colocada la imagen en 1813.
En 1815 las joyas que los peregrinos habían ofrecido a la Virgen se donaron para auxiliar las tropas patriotas.
En abril de 1816 el general de Serviez secuestro la imagen y cubierta con una tolda de campaña la llevo hasta Caqueza donde fue rescatada y devuelta a su santuario.
El 3 de enero de 1821, Simón Bolívar visita el Santuario, en agradecimiento por la ayuda recibida en 1815 para el sostenimiento de sus tropas. En 1827 volvió y permaneció del 6 al 8 de septiembre. En 1928, junio 20, vino por última vez y postrado de rodillas ante la sagrada imagen de María, oró por largo rato.
La imagen fue traslada en torno a 1823. El Obispo Lasso de la Vega consagra la Basílica.
En 1829 el papa pio VIII aprueba el oficio divino de Nuestra señora.
En 24 de diciembre de 1908, es consagrado el altar de mármol y colocada allí la imagen, de 12 metros de alto, de orden corintio, levantado sobre ocho columnas; coronado por tres ángeles tamaño natural. En la bóveda van siete figuras en relieve, simbólicas de los siete sacramentos y un arabesco central. Al frente en la parte alta del Camarín aparece el Monograma de María.
En 1910 el papa pio X decreto la coronación que se efectuó el 9 de julio de 1944 le colocan el Cetro que ostenta en la imagen de María.
El 9 de Julio de 1944 le colocan el cetro que ostenta en la mano la imagen de María.
En 1955 el presidente Gustavo Rojas Pinilla le impuso la cruz de Boyacá que aparece en la parte alta al lado izquierdo del cuadro.
En 1960 en nuncio, Monseñor José Paupini trajo el cirio que envió el papa Juan XIII para que ardiera al pie de la imagen implorando el éxito del Concilio Vaticano II.
El 29 de julio de 1967 un temblor semi-destruyo la basílica, La imagen se transado al patio del convento de los dominicos donde permaneció mientras se reconstruyo el templo.
El 9 de julio de 1969 la imagen vuelve a su trono y le colocan una media luna de plata en sus pies. En 1986 el presidente Belisario Betancur ordeno hacer a la imagen un examen radiológico para constatar su autenticidad y antigüedad. Resultado que dio positivo.
En 1984 los Dominicos invitan al papa con motivo de cumplirse los 400 años de renovada la imagen.
El 3 de julio de 1986 el papa Juan Pablo II visita el santuario y oro a los pies de la Virgen María por la paz de Colombia.
La imagen descansa en la Basílica de Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá, a donde acuden miles de peregrinos no solo el día de su fiesta patronal el 9 de julio sino todos los domingos, cuando se celebran las misas y procesiones.
El 3 de julio de 1986 el Papa Juan Pablo II visitó el santuario y oró por la paz de Colombia a los pies de la Virgen María. El 9 de julio de 1999 el lienzo visitó por última vez la ciudad de Bogotá para presidir la oración por la paz.
Se le conoce por el nombre de la ciudad de Chiquinquirá, donde tuvo lugar la primera de sus manifestaciones milagrosas, y donde reposa uno de los lienzos considerados como original.
